Saturday, November 2, 2013

BibDesk: BibTeX for OS X

Bibliography#02: BibDesk

Bibliography#02: BibDesk

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;; εμαcs is ⎋[esc]⌘[meta]⌥[alt]⌃[ctrl]⇧[shift].
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Operating System Environments

  • Main- : OS X Mountain Lion (10.8.5)
  • Sub- : Debian GNU/Linux Wheezy (7.2) || OS X Mavericks (10.9)
  • Server: Debian GNU/Linux Squeeze || Lenny
  • Mobile: iOS 7.0.3

LaTeX 사용환경

  • OS X: Aquamacs + Bash Shell + Skim
  • GNU/Linux: Emacs(+AUCTeX) + Bash Shell + Okular

Bibliography#02: BibDesk

지난 Post에서 LaTeX 문서 작성에서 BibTeX 사용의 장점을 간략하게 살펴보았다.

자신의 모든 references 정보를 하나의 .bib 파일에 모아서 관리한다고 했는데, 그럼 적게는 수십에서 많게는 수백에 이르는 정보를 매번 일일이 브라우저에서 찾아서 복사한 후(⌘C), .bib 파일에 붙여 넣기(⌘V) 해야 하나? 관련된 .pdf 문서도 함께 관리할 수 없나? 이런 문제들을 처리해 주는 몇 프로그램들이 있는데(예를 들어, Zotero나 Mendeley), 그 중에서 OS X 사용자라면 BibDesk를 한 번 사용해 볼 것을 권한다.

BibDesk는 BSD License의 BibTeX 관리하는 OS X 전용 프로그램으로, 소위 말하는 논문 관리 프로그램이다. 이를 사용하면 다음의 문제들을 한꺼번에 처리할 수 있다.

  • 자체 브라우저에서 "원클릭"으로 BibTeX 정보를 저장한다.
  • .pdf 문서나 url 주소를 함께 링크할 수 있다.
  • 특히 링크된 문서를 특정 directory에 지정된 이름으로 자동 완성해 준다.
  • iTunes나 Mail.app 처럼 Smart Group 기능이 있다.

Managing References

자체 브라우저에서 바로 논문을 검색해도 되지만, 내가 주로 사용하는 방법은 다음과 같다. 주로 쓰는 브라우저(내 경우는 Firefox)에서 논문을 검색한 후, 그 url을 복사해서 BibDesk에서 [Web]에 붙인 후, [Import] 하는 순서이다.

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아래는 올해(<2013-10-08 Tue>) Nobel Prize in Physics 공동 수상자 중에 한 명인 Peter Higgs의 유명한 논문 Broken Symmetries and the Masses of Gauge Bosons을 가지고, 어떻게 BibDesk에서 BibTeX을 관리하는 지를 보여주는 짧은 동영상이다.1

  1. Search a bibliography via browser
  2. Copy the url
  3. Paste it into BibDesk
  4. Import
  5. Import multiple references

Autocomplete: BibDesk + Quicksilver + Dropbox

BibDesk는 BibTeX만 관리해줄 뿐만 아니라, pdf나 url도 링크해서 관리할 수 있다. 위의 방법대로 BibTeX 정보를 저장했다면 url은 대부분 자동으로 링크가 따라붙는다. 해당 article의 pdf 파일은 직접 넣어주면 이도 함께 관리할 수 있다. 이때 미리 지정해둔 형식으로 자동으로 해당 BibTeX에서 정보를 불러와 이 pdf 파일명을 바꿔주며, 역시 미리 지정해둔 directory로 파일을 자동으로 옮겨준다.2 Quicksilver 사용자라면, 이 directory를 catalog에 등록을 해두면, quicksilver에서 바로 접근할 수 있다. 게다가 Dropbox 사용자라면, pdf 파일의 저장 장소를 ~/Dropbox/ 아래에 적당한 directory로 정해줌으로써 mobile device에서도 자유롭게 열람할 수 있게 된다.

이는 [BibDesk Preferences]->[AutoFile]에서 설정할 수 있다.

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파일명을 [BibTeX Type]이라는 directory 아래에 [First Author].[Year].[Unique alphabet].[15 words ofTitle].pdf 로 지정하는 방법은, 위의 그림에서 보듯이, [Auto File Options]->[File papers in fixed location:]에서 ~/Dropbox/bibliography 로 적어주고, [Local file format]->[Preset Format:]을 Custom으로 선택하고 [Advanced…]를 눌러, [Format String:] 아래와 같이 적어주면 된다. 

%f{BibTeX Type}/%A1.%Y%u1.%T15%e

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아래는 autocomplete에서 파일명을 [BibTeX Type]이라는 directory 아래에 [First Author].[Year].[Unique alphabet].[15 words ofTitle].pdf 로 지정한 후, 실제로 pdf 문서를 link 거는 과정을 간단히 보여준다. 위와 마찬가지로 사용한 예는 Peter Higgs의 논문 Broken Symmetries and the Masses of Gauge Bosons이다.

  1. Setup autocomplete
  2. Search and save a BibTeX again
  3. Download the pdf
  4. Link it into the bibliography

BibDesk + Quicksilver + Dropbox (+ Devonthink)

Devonthink 사용자라면, 여기서 한 발 더 나아갈 수 있다. 위에서 지정한 directory(~/Dropbox/bibliography)를 Devonthink에 "Index…" 시켜두면, BibDesk에서 BibTeX 파일에 링크 걸어둔 pdf 파일들의 위치는 유지되면서, Devonthink에서 바로 열람 및 검색 할 수 있다. 즉, 여기까지 설정하면, BibDesk에서 BibTeX 파일에 링크 걸어둔 pdf 파일들을 1) Quicksilver에서 바로 접근 가능하며, 2) Dropbox를 통해 다른 devices에서도 접근할 수 있고, 3) Devonthink로 바로 검색할 수 있다.

Smart group and advanced search

OS X 사용자라면 iTunes, Mail, iPhoto, 등으로 이미 Smart group 이야 익숙할 것이라고 생각한다. 간단히 말해서, 특정 field를 지정해서 자동으로 group을 만들어 주는 기능이다. 이게 BibDesk에서도 가능한데, 예를 들어, 오늘 수정한 것들만 따로 모으거나, Physical Review B(Phys.Rev.B) Journel 만 본다던가, S.Weinberg 가 저자로 들어간 논문들만 추려낸다던가, 등을 간단하게 할 수 있다.

또한 Regular expression까지는 아니더라도 Wild character를 지원하기 때문에 검색이 용이하다. 저자의 이름이 가물가물할 때, 예를 들어, Weinberg 를 찾고 싶은데 스펠링이 정확하게 기억나지 않을 때는 w**rg 라고 검색하면 나온다. 자세한 내용은 아래를 참고하자.

Export as minimal BibTeX

마지막으로 어떻게 보면 가장 중요한(?) 기능이 바로 Export as minimal BibTeX 이다. 여기까지 설명한 데로 BibTeX을 관리하면 .bib 파일을 직접 열어봤을 때, 링크 걸어둔 모든 정보들이 알 수 없는 문자로 아래처럼 적혀있는 것을 볼 수 있다.

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혼자 개인적인 목적으로 LaTeX을 이용하여 pdf 문서를 만들 때는 어떻게 적혀있던 상관 없으나, 이대로 .bib 파일을 referee나 editor 아니면 coworker에게 보낼 때는 조금 싫은 소리를 들을 수도 있다. 이렇게 남들에게 .bib 파일을 보낼 때는 [File]->[Export…]로 가서 [File Format:]을 Export as minimal BibTeX 로 바꾸면, 깔끔한 .bib 파일이 만들어 진다.

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Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License.

Footnotes:

1

이 동영상에서는 Quicksilver에 Web Search Module plugin을 깔아서, 이미 Inspire-HEP의 search field를 저장한 상태에서 사용한 모습이다. 즉, "Firefox->Inspire-HEP->검색"의 단계를 거치지 않고, Quicksilver에서 Inspire-HEP 검색을 바로 했다. Quicksilver에 Web Search Module plugin의 자세한 정보는 지난 Post를 참고하자.

2

가끔 자동으로 옮기지 못하는데, 이는 파일명을 바꾸는 지정된 형식에서 정보가 빠졌을 때 발생한다. 예를 들어, 파일명이 [Author].[Year].pdf로 바뀌게 지정해 놓았는데 BibTeX 정보에 year가 빠져 있다면, 여전히 link는 걸려있지만 파일명도 바뀌지 않고 지정된 directory로 옮겨지지도 않는다. 이는 수동으로 해결할 수 있다. [Publication]->[AutoFile Linked Files…]를 클릭한 후, [Move All]을 선택하면 빠진 정보를 제외하고 파일명을 바꾸어 지정된 directory로 옮긴다.

Created: 2013-11-02 Sat 21:00

Emacs 23.4.1 (Org mode 8.0.2)

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